B02 Zacharias:Untersuchung von Strukturbildungsprozessen induziert durch Bindungsvorgänge mittels Moleküldynamiksimulationen

Moleküldynamik-(MD)-Simulationen erlauben die Untersuchung von Bindeprozessen und assozierten Konformationsänderungen bei atomarer Auflösung. Wir planen die Anwendung von MD-Simulationen und verbesserter Suchmethoden auf Modellsysteme, um Konformations‑Schaltungsprozesse in molekularem Detail zu verstehen. Die meisten dieser Systeme werden im SFB experimentell untersucht. Dies beinhlatet eine DNA-bindende Proteindomäne, die erst bei der Bindung an DNA in eine gefaltete Form übergeht, sowie den Faltungsübergang eines Proteinsegments im Interleukin IL23α, das bei Bindung an IL12β faltet und dann einen funktionellen IL23-Komplex bildet. Darüber hinaus soll auch der Einfluss von post-translationalen Modifikationen auf Schaltvorgänge in GTPasen untersucht werden. Verfügbare experimentelle Daten sollen zum Vergleich und zum Start der Simulationsstudien herangezogen werden.